庚子8月，周馥到保定走马上任，出任直隶布政使。那时法国兵尚未退走，督府衙门经此战乱已颓败不堪，房屋无门窗，无板壁，仅剩数根柱子支撑着断垣残瓦。面对此景，他戏撰一联云：“山有盗，野有匪，城有洋兵，何时是化日光天气象；库无银，档无册，房无书吏，全凭我空拳赤手指挥。”

      然而周馥不愧为李鸿章的第一幕僚，“于洋务、商务，均能相度机宜，随同悉心筹画，有裨时局”（李鸿章语），“北洋新政，称盛一时，馥赞画为多” （《清史稿·周馥传》）。他亲手创办的“新政”有：天津电报官局、北洋电报学堂、北洋水师学堂（我国第一所海军学校）、天津工程局、天津武备学堂（我国最早的陆军军官学校）、天津机器局、集贤书院、博文书院（自捐银3000两购地，旧址现为海河中学），其中兴修铁路，禀请修筑从胥各庄至阎庄的铁路，以解决运煤困难，“铺设钢轨六十里”，是为中国兴办铁路之始。他办的军事学堂，培养了大批近代军事将官，后来著名的“北洋三杰”王士珍、冯国璋和段祺瑞，都是毕业于北洋武备学堂的学生。从这个角度讲，周老夫子还是北洋军阀的太师爷呢。他的幕僚和学生，代代相因，进入民国后不知几百上千，然而他自己的后代子孙，都没有走“武备”的道路，而是按照“老法”安徽人的传统，走上读书与经商之路。

      周馥有6个儿子：周学海、周学铭、周学涵、周学熙、周学渊、周学辉，其中除了周学涵早夭外，其余5个公子均于光绪年间，先后步入仕途。可是他们的兴趣似乎都不在仕途，而是凭借其父在北洋奠定的实业和人事上的基础，加之他们各自的才华，加入了洋务的洪流，其中于国计民生影响最大的是老四周学熙，被后世尊为“北方的实业巨头”，与南方的状元实业家张謇并称为“南张北周”，开创了周氏家族的新格局。