咸丰年间，农民不堪忍受封建统治者和地主恶霸的剥削压迫，奋起反抗，爆发了太平天国革命。太平军由武昌沿江东下，克九江后，由彭泽入建德，再向安徽省城安庆进发。建德农民揭竿而起，纷纷响应，造地主的反，抄豪绅的家，烧田契，分浮财。其间周家虽非富有，亦未能免，住宅三次被毁。为躲避战争，全家逃到彭泽县九都山中避难，一日数惊，来回逃窜，甚至白天在树草中藏身，夜晚弄点吃的，天未亮又奔向高岭，颠沛流离，数年不得安宁。周馥想远走以避之，而每当言及，祖父母、父母则痛哭不已，说：“与其逃出山外分散而死，不如全家死在一起。”馥听后心如刀绞。

一日，馥与妻吴氏密谋安身之计。吴夫人说：“此地不可久留，不逃必死，若全家逃也必死。你年壮能耐劳，应该逃走，如果能找到避难之地，再设法陆续携家往。”馥说：“此话若同老人说，老人必不忍我走，怎么办？”吴夫人为此想了几天后，对馥说：“事到如今，别无它法，然不可现告，也不可不告，你留下一书信，走后我再给老人看，加倍安慰他们。”馥仍犹豫不决，夜里叩天卜之，三卦皆乾，于是决心出走。

咸丰十年（1860）正月，湘军曾国荃夺回了彭泽县城，周馥走彭泽、东流沿江数百里，人烟寥落，不闻鸡犬声，惟饥民僵毙道边，沿途陆水兵官皆湘人，无相识者，遇到友人荐馥到东流湘军营中。登东流城外营垒时，他赋诗一首：

                              西风猎猎戍旗斜，无限春愁起暮笳；

                              芳草有情联故里，长江无浪没平沙；

                              风霜狐兔移巢穴，雷雨蛟龙见爪牙；

                              可奈仲宣乡思切，独携书剑何天涯。

周馥在营中教营长儿子读书，营长是鄂人，待他颇优。

转战中得家书，言祖父盼孙心切，嘱馥速回家探望。战事稍定，馥即赶回家中，得知许多乡人在战乱、逃难中死去，而自己家老幼安好，复出又走。