周馥辞官后，先住在芜湖别墅。辛亥革命后，避居青岛。第一次世界大战爆发，又移住天津。在此期间，他曾5次回建德老家叙乡情，为家乡办善事；谒祖墓，安排自己的墓地，写下了不少诗作。其中七律《还乡三首》中道：

                                   举火相依七十家，年来分俸惠难赊；

                                   买田取妇都成业，挈酒携浆竞迓车。

                                   剩有遗民谈劫火，半多客户艺桑麻；

                                   玉峰山下兰溪水，照影应惊两鬓华。

                                   两面青山树万枝，车声轭轭路逶迤；

                                   一肩行李黄尘晚，记得垂髫上学时。

民国六年（1917）7月1日，张勋拥清宣统帝在京复辟，为笼络旧臣，密谋委任周馥为协办大学士。馥未就，冯国璋、段祺瑞讨逆军进京，张勋10日逃入荷兰使馆，复辟丑剧结束。

周馥长期与公文相伴，经常夜半就寝，常年笔砚摆在枕席间，有时卧床思而有获，立即披衣援笔以待旦。退居后，优游颐养，体健神驰，纵游佳山秀水，先后谒周汉晋魏诸帝陵，登黄山、九华山、庐山，过长江三峡，下钱塘观潮，至苏州虎丘，上杭州天竺，到大同揽古昔边塞，写下大量诗篇，摘其三首：

                                                庐山风雨

                                         云自堂坳起，雷从山脚鸣；

                                         须臾天地合，恍惚石严倾；

                                         小阁寒生雾，层霄沸有声；

                                         明朝观瀑布，百道泻纵横。

                                                  山峡

                                          楚蜀严关键，行人困险艰；

                                          风腥人鲊甕，月冷鬼门关；

                                          天地留荒秽，山川自傲顽；

                                          我行幸安稳，已觉鬓毛斑。

                                                   岳王坟

                                        为拜崇封一感伤，可怜雄略遇孱王；

                                        奸谋自探君心出，和议遂教国耻忘。

                                        朔漠风霜遥祭日，西湖歌管太平乡；

                                        千秋公道民心在，又铸顽金跪下方。

民国九年（1920）直鲁豫旱灾，赤地千里，流亡载道，难民麋集天津，餐宿风露中，他怜叹哀之，命子周学熙邀同人发起募捐义赈，设粥厂收养4800人，及春资遣归故里。民国10年（1921），皖北水灾，他邀乡人联名请政府派许世英专理赈事，并捐款为之。在天津设义赈会，推龚仙舟为总管，支援灾民。

他嗜好读书，尤喜历代诗文、历代诗话，未偿一日释卷，写下大量著作及诗篇，后人将其著述整理成全集34卷。

他常念原配夫人吴氏天性慈善，感其患难与共，爱好勤俭操作，终身布衣素食，去世后，为她立传载史。还有侧室王氏、李氏，她们去世后，遗体都运回家乡安葬。周馥育有六子三女，对子女垂教甚严，仅示儿诗就有23首。《示海铭二儿》写道：

                                       武侯戒子书，淡泊与宁静；

                                       圣人百世师，忠恕重垂警；

                                       所贵收放心，慾绝外物屏；

                                       改过如扫地，时见尘满境；

                                       读书如尝食，甘苦在心领；

                                       一步一从容，即事即思省；

                                       久久心自明，豁然开万顷；

                                       矢志金石坚，造物难为梗。

民国十年（1921）元旦时，他对子说：“吾今年八十有五，精力以衰，岁不我与，附棺之事，尔曹早之毋忽也。”秋7月体生红痱，8月寒热时仍然，9月初眠食顿减，6日还作诗一首：

                                      天命运已尽，徒将医药缠；

                                      长饥不思食，醒卧亦安眠；

                                      默数平生事，多邀意外缘；

                                      皇天偏厚我，世运愧难旋。

之后坚不服药，闭目安卧，有时命奏八音琴以娱耳。家人亲友或自远来，闻声便知是谁，略述一二语以示别离。13日因前诗中“思”误作“嗜”，还取笔易之。9月21日离开了人世。

周馥去世后，民国政府总统徐世昌亲制挽幛，遣官致祭，清王朝虽已覆亡十载，而末代皇帝溥仪小朝廷尚在活动，对周馥之死还下了一首谕旨，予谥“悫慎”。后来，周家刻印周馥的文集使用谥号，名为《周悫慎公全集》。由子周学熙、学渊、学煇等所有健在子孙不远千里，护柩回邑安葬，并携带两组发电机。路过安庆时，安徽省长许世英（今东至县人）出面，调安庆电灯厂机师万鸿年同来帮助安装开机。回县后，灵柩先停在离老宅1公里的农林公会（今烈士陵园山脚下），后运往云雾坑祖坟地安葬（今官港镇石城）。

周馥生前为官的地方，得知他去世后，纷纷致电民国政府，要求建专祠以祀，先后有直隶、江苏、山东、安徽等省建了周馥祠，秋浦县也在南门岭建了乡贤祠。

    主要参考资料：《建德县志》、《周悫慎公全集》、《清末海军史料》（海洋出版社）等。